Galaxy-BioProd

Un portail opérationnel pour la production de produits biosourcés.

Le projet Galaxy-BioProd vise à fournir des outils et des ressources génériques et partagés pour concevoir, exécuter et suivre d'autres projets du programme. À cette fin, un portail centralisé fournira des outils logiciels ainsi que des ressources de calcul et de stockage.

La technologie DBTL (Design-Build-Test-Learn) est le mode opératoire en R&D pour les biotechnologies industrielles (biofonderies) pour pallier le long et coûteux processus traditionnel d'essais-erreurs.

Cette technologie combine protocoles manuels et robotisés avec logiciels, mais est complexe à mettre en oeuvre. Il existe de nombreux outils et ressources développés au travers de projets européen (IBISBA, ELIXIR (Galaxy and Microbial Biotech Communities), BioRoBoost) et Nationaux (MetaboHUB, Equipex+(Aladin,MetEx+).

Cependant, il existe aujourd'hui un manque de pratiques partagées, avec des projets et biofonderies qui ont déployé leurs propres pipelines.

Les objectifs du projet :

Outils et ressources

« FARification » d’outils et ressources informatiques au travers du système de workflow Galaxy :

  • Interface simple et efficace pour construire des workflows ;
  • Couplage de nouveaux outils avec ceux déjà présents dans le ToolShed ’ de Galaxy en génomique, transcriptomique,
  • métabolomique, apprentissage machine ;
  • Formation en ligne pour l’utilisation et la création d’outils Galaxy.
Outils inter-projets 

Développement de nouveaux outils pour répondre aux besoins spécifiques des axes "Caractérisation de la biomasse" et "Nouveaux schémas de transformation de la biomasse" du programme Bioproductions :

  • Standardiser les méthodes de caractérisation de la biomasse ;
  • Réduire le temps de conception et d’ingénierie des bioprocédés pour la production de produits biosourcés ;
  • Coupler la modélisation multi-échelle de bioprocédés avec l’analyse de cycle de vie (ACL).

 

Le consortium :

Instituts de recherche
  • INRAE
  • CEA
  • CentraleSupélec
  • IFPEN
  • INSA Toulouse

Date de modification : 22 décembre 2023 | Date de création : 08 novembre 2023 | Rédaction : B-BEST