COPE

Projet lauréat de l'appel à projet 2024.

Le projet COPE répond au besoin critique d’optimiser l’allocation du protéome pour améliorer la bioproduction.
La régulation de l’allocation du protéome contrôle deux processus cruciaux pour la biosynthèse :

• L'expression de gènes hétérologues.
• Les flux métaboliques pour maintenir les pools de précurseurs.

Ces contraintes varient selon les substrats et produits. L’hypothèse centrale est que chaque application de bioproduction à un optimum spécifique d’allocation du protéome.

Problématique actuelle : Les méthodes standards pour optimiser l’allocation du protéome n’existent pas encore. Les approches antérieures reposaient sur des circuits génétiques complexes ou une évolution en laboratoire lente, inadaptée aux traits non sélectionnables.

Pour répondre à cette problématique, le projet est organisé en 4 axes de travail :

• Alteration des concentrations intracellulaires de ppGpp et cAMP pour identifier des niveaux optimaux.
• Utilisation de l'édition génomique à haut débit (méthode CREPE) pour établir des relations génotype-phénotype via des bibliothèques de mutations.
• Modélisation prédictive avec l’intelligence artificielle pour identifier les mutations améliorant la régulation des ressources.
• Application aux souches d’E. coli pour des applications industrielles.

Le projet COPE travaillera avec pour objectif final le développement d'une plateforme standardisée d’optimisation des châssis adaptable à tout contexte industriel.
 

Durée du projet :
 

2024 - 2028

Responsable scientifique :
 

Alaksh Choudhury (CEA)

Établissements publics partenaires
 

Autre établissement impliqué